Instalación de Paquetes en R


Dr. Felipe Dzul Manzanilla

Dr. Fabián Correa-Morales


Date: 2024-01-01

Update: 2024-02-06


Temario

  • Instalación de R
  • Instalación de Rtools (solo para WINOS)
  • Instalación de RStudio
  • Instalación de paquetes en CRAN
  • Instalación de paquetes en GitHub
  • Instalación de paquetes tar.gz
  • Instalación de paquetes Cran Task View.

Temarios

  • Metapaquetes, Universos y Rverses
  • ETVerse, IVAverse, dengueverse
  • dengueverse
    • rgeomex
    • deneggs
    • dehotspots
    • dencontrol
    • densnv

Instalación de R

  1. Ir a la página oficial de R

  2. click en download R para el Sistema Operativo (winOS, macOS, Linux)

  3. Seleccionar el CRAN Mirrors

  4. Guardar Archivo

  5. Ir a la carpeta de descargas

  6. Instalar R

Instalación de RStudio

  1. Ir a la página oficial de RStudio

  2. click en download RStudio

  3. download RStudio desktop for OS

  4. Guardar Archivo

  5. Ir a la carpeta de descargas

  6. Instalar RStudio

Instalación de paquetes desde CRAN

# Instalamos el paquete
install.packages("ggplot2", 
                 repos = "http://cran.us.r-project.org")

The downloaded binary packages are in
    /var/folders/2z/8jfl18fd4gv1c9jldxgq4xnw0000gn/T//RtmpgrJROQ/downloaded_packages
# Verificamos la instalación
library(ggplot2)
# Instalamos el paquete

install.packages(c("sf", "tmap", "ggspatial"), 
                 repos = "http://cran.us.r-project.org")

The downloaded binary packages are in
    /var/folders/2z/8jfl18fd4gv1c9jldxgq4xnw0000gn/T//RtmpgrJROQ/downloaded_packages
# Verificamos la instalación
library(sf)

Instalación de paquete desde GitHub

# Instalamos el paquete
#| echo: true
#| output: true
# devtools::install_github("fdzul/dendata")
# Instalamos el paquete
# remotes::install_github("fdzul/rhealthdiag")
# Verificamos la instalacion
library(rhealthdiag)
# Instalamos el paquete
pak::pkg_install("hughjonesd/ggmagnify")
# Verificamos la instalacion
library(ggmagnify)

Instalación de paquete con Task View

  1. Primero Instalamos el paquete ctv
 install.packages("ctv",
                 repos = "http://cran.us.r-project.org")

  1. Seleccionamos el tópico.

  2. Instalamos el tópico.

# no 
# ctv::install.views("Epidemiology",
#                   repos = "http://cran.us.r-project.org")

Instalación de paquete binario

para winOS

#install.packages("C:/Users/felip/Downloads/ggplot2_3.3.5.zip", 
#                 repos = NULL, 
#                 type = "win.binary")

para macOS

install.packages("/Users/fdzul/Downloads/gt_0.10.1.tar", 
                 repos = NULL, 
                 type = "source")
library(gt)

Desafio

Instalar los siguiente paquetes para el análisis espacial

# ctv::install.views("Spatial")
#ctv::install.views("SpatioTemporal")
#ctv::install.views("Epidemiology")

Universo de Vectores en R

Instalación del dengueverse

  1. Instalar el paquete knox
# pak::pkg_install("thanhleviet/knox")
  1. Instalar el paquete similiars
# pak::pkg_install("davidsjoberg/similiar")
  1. Instalar SATScan y el paquete rsatscan
# install.packages("rstatscan")

Instalación del dengueverse

rgeomex

# pak::pkg_install("fdzul/rgeomex")

denhotspots

# pak::pkg_install("fdzul/denhotspots")

bolder & densnv

# pak::pkg_install("fdzul/densnv")

Instalación de lo paquetes del dengueverse

Para instalar el paquete deneggs primero instalamos INLA.

INLA

#install.packages("INLA",
#                 repos=c(getOption("repos"),
#                         INLA="https://inla.r-inla-download.org/R/stable"), 
#                dep=TRUE)

deneggs

# pak::pkg_install("fdzul/deneggs")

Dios Botic

github.com/fdzul